排碳量計算是以廠區分別計算，環團擔憂排碳大戶企業會透過切分生產線規避碳費。不過，環境部氣候署表示，廠區不是說拆分就拆分，工廠的空污及水污許可證都要重新辦理變更，許可證變更很困難，而且還要重新申請工廠登記或跑環評程序， 企業不太可能只為了規避碳費就變更廠房。

根據環境部氣候署規劃，碳費徵收對象是依規定應盤查登錄及查驗的排放源，且其全廠直接排放及使用電力間接排放產生排碳，合計達2.5萬噸二氧化碳當量的電力業及製造業。碳費應繳費額公式為將排放量減掉2.5萬公噸二氧化碳當量後，再乘以收費費率。（碳費應繳費額=（排放量-2.5萬公噸二氧化碳當量）×收費費率）。碳費費率將於今年第一季由碳費費率審議會定案。

綠色公民行動聯盟專員沈宜臻指出，目前排碳量計算以廠區分別計算，若企業有複數廠房，就會得到更多免費配額，部分企業也可能透過生產線的調度規避碳費收取。且若開放每間企業都享有2.5萬噸免徵額度，環境部恐少收幾十億元的碳費，減損要企業減碳的力度。

環境部氣候署副署長黃偉鳴解釋，工廠都要有空污、水污、廢棄物許可證，產業如果要拆分生產線，所有的許可證都要辦理變更、還要重新申請工廠登記，但許可證審查其實很嚴格，連業者都會抱怨申請許可證很困難，業者不太可能為了少繳碳費拆分生產線，這樣反而更不合乎成本效益。且大型廠區若要變更生產線可能還涉及環評程序，環評變更理由如果是為了少繳碳費，環評委員也不會讓其通過。

針對2.5萬噸免費配額，黃偉鳴表示，「這是類似繳稅扣除額的概念」，有些製造業碳排放超過2.5噸、要繳碳費的只有少數幾家，多數則是略低於2.5萬噸，超過2.5萬噸的每排一噸碳都要繳碳費，但是2.49噸的則一毛錢都不用交，可能會讓產業形成不公平競爭。他強調，碳費徵收重點應擺在年排放達數百萬噸以上的業者，才是首要減碳目標。